NGS實驗室設計：區(qū)域功能和相關要求 CEIDI西遞

　　高通量測序實驗室又稱NGS實驗室，以高通量測序技術為主要檢測手段，完成臨床疾病篩查或輔助診斷等項目。由于NGS技術對所檢測的核酸模板進行大量擴增，容易出現(xiàn)實驗室污染導致檢測結果不準確；且NGS實驗要求高、影響因素多，實驗過程處理不當也會導致檢測結果異常。因此一個嚴格有序、規(guī)范的NGS實驗室是非常必要的。對于NGS實驗室的設計，要參考《分子病理診斷實驗室建設指南（試行）》、《個體化醫(yī)學檢測質量保證指南》、《腫瘤個體化治療檢測技術指南》、《個體化醫(yī)學檢測實驗室管理辦法》、《測序技術的個體化醫(yī)學檢測應用技術指南（試行）》進行、《高通量測序技術臨床規(guī)范化應用北京專家共識（腫瘤部分）》、《國家衛(wèi)生計生委關于印發(fā)醫(yī)學檢驗實驗室基本標準和管理規(guī)范（試行）的通知》等相關規(guī)范。>>>商務洽談，點此處，在線咨詢
　　NGS實驗室的區(qū)域設置原則上需要滿足《醫(yī)療機構臨床基因擴增檢驗實驗室工作導則》的要求，在不影響檢測質量的前提下，分區(qū)可依據(jù)實際情況適當合并。對潔凈環(huán)境來說，因為NGS項目檢測中腫瘤診斷與治療的要求最為嚴格，所以NGS的實驗室相對常規(guī)PCR實驗室來說，要求更高。
　　一般我們根據(jù)常規(guī)NGS操作步驟，NGS實驗室大致可分為以下區(qū)域：
　　（1）試劑儲存和準備區(qū)；
　　（2）樣本前處理區(qū)；
　　（3）樣本制備區(qū)；
　　（4）文庫制備區(qū)；
　　（5）雜交捕獲區(qū)/多重PCR區(qū)域（第一擴增區(qū)）；
　　（6）純化一區(qū)；
　　（7）文庫擴增區(qū)（第二擴增區(qū)）；
　　（8）純化二區(qū)；
　　（9）測序區(qū)；
　　（10）潔凈走廊及污染走廊區(qū)域。
　　NGS實驗室分區(qū)的要求目前在業(yè)內存在一定爭議，有專家認為分區(qū)設置必要性不大且浪費空間，考慮到目前不同層級實驗室的管理能力差異較大，為方便實驗室進行質量管理，確保檢測質量，NGS實驗室建議根據(jù)擬開展的檢測項目數(shù)量、檢測技術流程、測序平臺和工作量大小來制定分區(qū)設計的方案。建議實驗室至少設置五個功能區(qū)：試劑存儲和準備區(qū)、標本與文庫制備區(qū)、文庫擴增與檢測區(qū)、測序區(qū)、數(shù)據(jù)分析與存儲區(qū)。各區(qū)域的功能和相關要求如下。
　　1．試劑存儲和準備區(qū)：
　　用于消耗品和試劑的存儲和準備。消耗品和試劑應直接運送至該區(qū)域，不能經(jīng)過文庫制備區(qū)，試劑盒中的陽性對照及質控品不能保存在該區(qū)，應存儲于標本與文庫制備區(qū)。
　　2．標本與文庫制備區(qū)：
　　用于核酸（RNA、DNA）提取與存儲；文庫制備和雜交捕獲。應符合生物安全二級實驗室防護設備、個人防護和操作規(guī)范的要求。本區(qū)域設置正壓條件（通常維持5 Pa的正壓），以避免從鄰近區(qū)進入本區(qū)的氣溶膠污染。對具有潛在傳染危險性的材料，應在生物安全柜內開蓋和處理，同時應有明確的標本處理和滅活程序。若開展RNA測序檢測，應設置RNA樣本提取和樣本制備特定區(qū)域。
　　3．文庫擴增與檢測區(qū)：
　　文庫擴增、文庫檢測與質控。為避免氣溶膠所致的污染，應盡量減少在本區(qū)內的走動。所有經(jīng)過檢測的反應管不得在此區(qū)域打開。
　　4．測序區(qū)：
　　用于測序標本上機檢測的區(qū)域。如Illumina測序平臺的溫度在22℃左右，且溫度波動上下不超過3℃，濕度在30%~75%之間；Thermofisher測臺的溫度在20~25℃，運行溫度不超過30℃，詳細要求依照廠商說明書。
　　5．數(shù)據(jù)分析與存儲區(qū)：
　　用于測序數(shù)據(jù)的分析與存儲。數(shù)據(jù)應進行安全備份，并與互聯(lián)網(wǎng)物理隔離。規(guī)定原始序列核心數(shù)據(jù)的保存期限。詳細說明并記錄數(shù)據(jù)存儲路徑。應說明數(shù)據(jù)庫是否為云端存儲以及數(shù)據(jù)庫更新的程序和管理要求。

　　

NGS實驗室依據(jù)《生物安全實驗室建筑技術規(guī)范》二級生物安全實驗室標準建設，在此基礎上還需要參考《高通量測序技術》進一步對NGS實驗室的各環(huán)境參數(shù)進行嚴格控制，部分要求達到三級生物安全實驗室的技術規(guī)范。一個規(guī)范的NGS檢測實驗室是獲得準確檢測結果的重要保障，在實驗室運行過程中要始終堅持“工作有序、互不干擾、防止污染、報告及時”的基本準則。CEIDI西遞作為NGS實驗室專業(yè)的建設單位要對實驗環(huán)境的達成負責，尤其是技術指標的達成要嚴謹，充分顧及儀器設備的環(huán)境因素，例如：放置測序儀的房間溫度應控制在19-25℃，2小時溫度波動要精確控制小于2℃，濕度應控制在30%-70%之間。NGS技術作為強大的醫(yī)學檢測技術，未來的應用會更加廣泛。CEIDI西遞也會在不斷地建設實踐過程中總結經(jīng)驗，以便更好地助力醫(yī)學研究實踐的落地工作。

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